Francisco Agatão, nasceu em 1960 na cidade de Beja, foi um dos melhores e mais conhecidos futebolistas saídos das camadas jovens do ACR Zona Azul. Francisco Agatão estreou-se como sénior ao serviço do Desportivo de Beja e posteriormente, alinhou pelo Despertar SC e pelo Elvas CAD, clube a partir do qual deu o salto para o Boavista e Estrela da Amadora, onde fez quase toda a sua carreira de futebolista. Aos 36 anos, na época 1995/96, terminou a sua carreira de futebolista profissional ao serviço do GD Estoril-Praia. Foi neste clube que encontrou Carlos Manuel, de quem passou a ser adjunto, e foi com ele que chegou ao Sporting em Janeiro de 1998, depois de um bom trabalho no Salgueiros. Seguiram-se Sp. Braga, Campomaiorense e Santa Clara onde a dupla se desfez, quando Carlos Manuel foi despedido e Agatão continuou como adjunto até assumir o comando da equipa, em Novembro de 2004.

Prosseguiu a sua carreira, como treinador principal, no Operário dos Açores, equipa que treinou durante 7 épocas. Em 2013 teve uma curta experiência no Desportivo Caala, como adjunto de Ricardo Formosinho.